供销合作社的问题根本上是体制机制问题， 供销合作社改革需要解决三个核心问题：一是与农民的关系问题。即供销合作社从本质上讲应自觉自愿为农服务，而非将为农服务仅作为自身的生财之道。二是服务手段方式问题。联合合作应是供销合作社最通常、最主要的服务手段和方式，通过联合合作变少为多、变小为大、变弱为强，这是合作制的本质体现，也是优势所在，是区别于一般经济组织的重要特征。三是内生动力活力问题。我国农村市场之巨大、农民需要服务之众多，是任何一个国家都无法相比的。供销合作社有扎根农村、点多面广、队伍庞大等优势，应在开发农村市场、开辟农村服务新阵地上大有作为，而目前队伍凝聚力、战斗力和创造力都有所不足。这三个问题，是供销合作社改革发展中带有体制性根本性的三个核心问题，研究改革，要注重创新体制机制，解决好这三个问题。

    一、要把大力加强基层组织建设和争取并承接政府支农惠农政策性公益性任务作为突破口，解决与农民的关系问题。供销合作社只有办成农民自己的组织，才能真心实意地为农服务，或者只有为农服务是解决自身生存的必由之路时，才能真心实意地为农服务。因此，一要通过在基层大力兴办、领办专业合作社（协会）、综合服务社，或与农民共建涉农企业、共办农村事业等，与农民融为一体，结成利益共同体，实现供销合作社为农服务与为己服务的统一。二要通过大量争取和承接政府支农惠农政策性公益性任务，在服务广大农民的同时，使基层社生存发展有了稳固的基础，促使供销合作社牢牢扎根在为农服务的主阵地上。

    二、要把加强系统上下资本和项目合作，大力发展行业协会，完善干部管理体制作为突破口，解决联合社不联合、合作社不合作的问题。市场经济下，联合合作最紧密的方式是资本的联合合作，供销合作社作为经济组织，自然要将资本的联合合作作为重要方式，通过在系统内多元办企、产业整合、项目合作等，积极探索联合合作的途径方法。特别应重视的是，供销合作社既是经济组织，又不同于一般的经济组织，同时具有社团组织的特性，因此要重视发挥社团组织在联合合作方面的优势，将行业协会建设作为当前深化改革、完善供销合作社组织体系的一项重要内容，通过在优势领域大力创建行业协会，延伸供销合作社为农服务领域，拓展为农服务功能，同时扩大供销合作社的社会影响。此外，要适应办成上下一体的实体性合作经济组织的需要，在队伍建设、人员管理上要完善相应制度，如探索建立各级联合社班子由地方党委和上级联合社党委（党组）共同管理的体制，建立系统内人才流动、统一调度的机制等。